Como baixar ImageJ
Se você estiver procurando por um software que possa ajudá-lo a processar e analisar imagens científicas, experimente o ImageJ. O ImageJ é um software de domínio público que está em desenvolvimento contínuo desde 1997. Ele possui muitos recursos, derivados e variantes que o tornam adequado para vários aplicativos. Neste artigo, mostraremos como baixar e instalar o ImageJ em diferentes plataformas, bem como acessar a documentação e os recursos para utilizá-lo.
O que é ImageJ?
ImageJ é um software que pode exibir, editar, analisar, processar, salvar e imprimir imagens. Ele pode ler e gravar vários formatos, incluindo TIFF, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS e raw. Ele também pode lidar com pilhas ou séries de imagens que compartilham uma única janela. Ele suporta funções de processamento de imagem padrão, como manipulação de contraste, nitidez, suavização, detecção de borda e filtragem mediana. Ele também pode realizar transformações geométricas, como dimensionamento, rotação e inversões. Além disso, pode fazer medições de área, média, desvio padrão, mínimo e máximo de seleção ou imagem inteira. Ele também pode calcular histogramas e gráficos de perfil de linha.
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Recursos do ImageJ
Alguns dos recursos do ImageJ são:
É independente de plataforma. Ele roda em Windows, Mac OS X, Linux e qualquer outro sistema que tenha um ambiente de tempo de execução Java.
É multithread. Ele pode tirar proveito de vários processadores para acelerar as operações.
É extensível. Ele possui uma linguagem de macro integrada que pode automatizar tarefas e adicionar novos recursos. Ele também suporta plugins que podem estender sua funcionalidade.
É de código aberto. Está disponível gratuitamente para download e modificação.
Derivados e variantes do ImageJ
O ImageJ possui muitos derivados e variantes que são baseados em seu código-fonte ou usam sua estrutura. Alguns deles são:
ImagemJ2.É uma reescrita completa do ImageJ que visa fornecer uma interface de usuário mais moderna, um sistema de plugins mais poderoso e melhor integração com outras ferramentas.
Fiji. É uma distribuição do ImageJ que inclui muitos plugins para análise de imagens, especialmente em ciências da vida.
Bioformatos. É um plug-in que permite que o ImageJ leia e grave mais de 150 formatos de arquivo de vários softwares de microscopia.
CellProfiler. É um software que usa o ImageJ para realizar análises de imagens de alto rendimento para biologia celular.
Como baixar e instalar o ImageJ em diferentes plataformas
Para baixar e instalar o ImageJ no seu computador, você precisa seguir diferentes etapas, dependendo do seu sistema operacional. Aqui estão as instruções para Windows, Mac OS X e Linux.
Baixe e instale o ImageJ no Windows
Para baixar e instalar o ImageJ no Windows, você precisa fazer o seguinte:
Baixar ImageJ empacotado com Java
Vou ao e clique no link que diz "Baixar ImageJ empacotado com Java 1.8.0_172 (75 MB)". Isso fará o download de um arquivo ZIP que contém ImageJ e um ambiente de tempo de execução Java.
Extraia o diretório ImageJ
Abra o arquivo ZIP e extraia o diretório ImageJ para um local de sua escolha. Você também pode renomear o diretório, se desejar. Por exemplo, você pode extraí-lo para C:\ImageJ.
Atualize ou faça o downgrade do ImageJ
Para atualizar ou fazer downgrade do ImageJ, você pode usar o atualizador integrado. Para iniciá-lo, clique duas vezes no arquivo ImageJ.exe no diretório ImageJ e selecione Ajuda > Atualizar ImageJ... na barra de menus. Isso abrirá uma caixa de diálogo que mostra as versões atuais e disponíveis do ImageJ. Você pode optar por atualizar para a versão mais recente, fazer downgrade para uma versão mais antiga ou permanecer com a versão atual. Você também pode verificar se há atualizações automaticamente selecionando Ajuda > Atualizar... > Verificar se há atualizações na inicialização.
Baixe e instale o ImageJ no Mac OS X
Para baixar e instalar o ImageJ no Mac OS X, você precisa fazer o seguinte:
Baixar ImageJ empacotado com Java ou Zulu OpenJDK
Vou ao e clique no link que diz "Baixar ImageJ empacotado com Java 1.8.0_172 (82 MB)" ou "Baixar ImageJ empacotado com Zulu OpenJDK 1.8.0_302 (82 MB)". Isso fará o download de um arquivo ZIP que contém ImageJ e um ambiente de tempo de execução Java.
Contorne a randomização de caminho
Desde o Mac OS X 10.12 (Sierra), existe um recurso de segurança chamado Path Randomization que impede que os aplicativos acessem arquivos fora de sua própria caixa de proteção. Isso pode causar problemas para o ImageJ, pois ele precisa acessar plugins e outros arquivos em seu diretório. Para contornar esse problema, você precisa mover o arquivo ImageJ.app para fora do arquivo ZIP e colocá-lo em uma pasta de sua escolha. Você também pode renomear a pasta, se desejar. Por exemplo, você pode movê-lo para Applications/ImageJ.
Atualize ou faça o downgrade do ImageJ
Para atualizar ou fazer downgrade do ImageJ, você pode usar o mesmo método do Windows. Para iniciar o atualizador, clique com o botão direito do mouse no arquivo ImageJ.app e selecione Mostrar conteúdo do pacote. Em seguida, navegue até Contents/MacOS e clique duas vezes no arquivo ImageJ-macosx. Isso abrirá o ImageJ e você poderá selecionar Ajuda > Atualizar ImageJ... na barra de menus.
Baixe e instale o ImageJ no Linux
Para baixar e instalar o ImageJ no Linux, você precisa fazer o seguinte:
Baixar ImageJ empacotado com Java
Vou ao e clique no link que diz "Baixar ImageJ empacotado com Java 1.8.0_172 (75 MB)". Isso fará o download de um arquivo ZIP que contém ImageJ e um ambiente de tempo de execução Java.
Extraia o diretório ImageJ
Abra o arquivo ZIP e extraia o diretório ImageJ para um local de sua escolha. Você também pode renomear o diretório, se desejar. Por exemplo, você pode extraí-lo para /ImageJ.
Atualize ou faça o downgrade do ImageJ
Para atualizar ou fazer downgrade do ImageJ, você pode usar o mesmo método do Windows. Para iniciar o atualizador, abra um terminal e navegue até o diretório ImageJ. Em seguida, execute o comando ./ImageJ --update.Isso abrirá o ImageJ e você poderá selecionar Ajuda > Atualizar ImageJ... na barra de menus.
Como acessar a documentação e os recursos do ImageJ
Depois de baixar e instalar o ImageJ, talvez você queira aprender mais sobre como usá-lo e o que ele pode fazer. Existem muitas documentações e recursos disponíveis online que podem ajudá-lo com isso. Aqui estão alguns deles:
Guia do usuário e documentação on-line da API JavaDoc
O guia do usuário é um manual abrangente que abrange todos os recursos e funções do ImageJ. Ele também inclui tutoriais, exemplos, dicas e truques. Você pode acessá-lo selecionando Ajuda > Guia do usuário na barra de menus do ImageJ ou visitando .
A documentação on-line da API JavaDoc é uma referência para as classes e métodos do ImageJ. É útil para desenvolvedores que desejam escrever plugins ou macros para ImageJ. Você pode acessá-lo selecionando Help > Online JavaDoc API na barra de menus do ImageJ ou visitando .
Código-fonte e imagens de exemplo
O código-fonte do ImageJ está disponível no GitHub, onde você pode navegar, fazer download ou bifurcá-lo. Você também pode enviar problemas ou solicitações pull se encontrar algum bug ou quiser contribuir para o desenvolvimento do ImageJ. Você pode acessar o código-fonte visitando .
As imagens de exemplo são uma coleção de imagens que demonstram vários recursos e funções do ImageJ. Eles são úteis para testar, aprender ou ensinar o ImageJ. Você pode acessá-los selecionando File > Open Samples na barra de menus do ImageJ ou visitando .
Plugins e recursos de desenvolvedor
Os plugins são módulos adicionais que estendem a funcionalidade do ImageJ. Eles podem ser escritos em Java, JavaScript, Python, Ruby ou outras linguagens. Eles podem executar várias tarefas, como processamento de imagem, análise, visualização, segmentação, registro, rastreamento, medição, etc. Você pode acessá-los selecionando Plugins > Plugins... na barra de menu do ImageJ ou visitando .
Os recursos do desenvolvedor são um conjunto de ferramentas e guias que ajudam os desenvolvedores a criar plug-ins ou macros para o ImageJ. Eles incluem um IDE (Integrated Development Environment), um depurador, um compilador, um editor de código, um formatador de código, um analisador de código, um gerador de código, um repositório de código, um gerador de documentação de código, etc. Você pode acessá-los selecionando Plugins > Ferramentas de desenvolvedor na barra de menu do ImageJ ou visitando .
Lista de e-mails e links
A lista de discussão é um fórum onde usuários e desenvolvedores do ImageJ podem se comunicar uns com os outros. Eles podem fazer perguntas, compartilhar ideias, relatar bugs, solicitar recursos, anunciar plugins etc. Você pode acessá-lo selecionando Ajuda > Lista de discussão na barra de menu do ImageJ ou visitando .
Os links são uma coleção de sites relacionados ao ImageJ ou ao processamento de imagens em geral. Eles incluem revistas, livros, cursos, conferências, workshops, blogs, podcasts, vídeos, etc. Você pode acessá-los selecionando Ajuda > Links na barra de menus do ImageJ.
Conclusão
Neste artigo, mostramos como baixar e instalar o ImageJ em diferentes plataformas, bem como acessar a documentação e os recursos para usá-lo. Esperamos que este artigo tenha ajudado você a começar a usar o ImageJ e que seja útil para suas necessidades de processamento e análise de imagens.
perguntas frequentes
Qual é a diferença entre ImageJ e Fiji?
Como executo um plug-in ou macro no ImageJ?
Como crio uma barra de ferramentas personalizada no ImageJ?
Como faço para salvar uma imagem ou uma pilha no ImageJ?
Como faço para citar ImageJ em minhas publicações?
Aqui estão as respostas para essas perguntas frequentes:
A diferença entre ImageJ e Fiji é que Fiji é uma distribuição de ImageJ que inclui muitos plugins para análise de imagens, especialmente em ciências biológicas. Fiji significa Fiji Is Just ImageJ. Você pode usar Fiji como uma alternativa ao ImageJ se quiser ter acesso a mais recursos e funções.
Para executar um plug-in ou macro no ImageJ, você precisa selecioná-lo no menu Plug-ins ou no menu Macros, respectivamente. Você também pode usar o localizador de comandos (Ctrl+L) para procurar um plug-in ou macro pelo nome. Alguns plug-ins ou macros podem exigir que você abra uma imagem ou faça uma seleção antes de executá-los.
Para criar uma barra de ferramentas personalizada no ImageJ, você precisa usar o plug-in Toolbar Editor. Você pode acessá-lo selecionando Plugins > Utilitários > Editor da barra de ferramentas. Isso abrirá uma caixa de diálogo que permite adicionar, remover ou reorganizar botões na barra de ferramentas. Você também pode atribuir atalhos de teclado, ícones e dicas de ferramentas aos botões. Você pode salvar sua barra de ferramentas personalizada como um arquivo de macro e carregá-la mais tarde.
Para salvar uma imagem ou uma pilha no ImageJ, você precisa selecionar Arquivo > Salvar como na barra de menus e escolher um formato no submenu. Você também pode usar o atalho Ctrl+S para salvar a imagem ou pilha no mesmo formato em que foi aberta. Alguns formatos podem ter opções que você pode ajustar antes de salvar.
Para citar o ImageJ em suas publicações, você pode usar a seguinte citação: Rueden CT, Schindelin J, Hiner MC, DeZonia BE, Walter AE, Arena ET, Eliceiri KW (2017) ImageJ2: ImageJ para a próxima geração de dados de imagens científicas. BMC Bioinformática 18:529. Você também pode visitar para mais informações sobre como citar o ImageJ e seus plugins.
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